A pesar de que los españoles temían a los a los indios por su número y los indios desconfiaban de los españoles, poco a poco se fueron aproximando y se mezclaron las dos razas, resultando así la raza mestiza a la que pertenece la mayor parte de nuestra población.

Al aproximarse los españoles, edificaron la primera iglesia en lugar que ahora ocupa el Comando, en cuyo frente había un cementerio, donde se sepultaban solamente los muertos cuyos deudos podían pagar un impuesto a la curia.

Dice la tradición que cuando estaban empezando a construir ese templo, pasó el misionero Fray Antonio Margil y al observar la situación de este pueblo, dijo a los jefes, que no construyeran la iglesia en este lugar porque este valle en que estaba la población tenía un gran peligro por las montañas que lo rodean, sobre todo por las grandes peñas que se encuentran sobre las montañas del occidente; pero continuaron la construcción. Después de algunos años, volvió a pasar el padre Margil y lamento que no se hubiera atendido su consejo, pues les había insinuado que la iglesia fuera construida en el llano grande, donde no hay peligro y se encuentra agua en abundancia; él pensó que construyendo allá la iglesia, el pueblo se trasladaría a ese lugar. Invitó al pueblo a ir con él en peregrinación a colocar una cruz sobre una de las peñas, habiendo sido colocada sobre la que ahora llamamos PEÑA DE LA CRUZ allí se oro fervorosamente pidiendo a Dios que cubriera este pueblo con los brazos de Santa Cruz y lo librara de los peligros que estaba expuesto.

Como la cruz era de madera, se destruyó y no había quedado más que la leyenda. Doña Dolores Rosales de Palacio acompañada de gran número de fieles, subió a reponer la cruz puesta por él padre Margil; destruida ésta, la repusieron los Hermanos Cristianos, en la primera época que esa congregación estuvo en esta ciudad; más tarde él padre ALBERTO VALENCIA Y VILLEGAS, subió con el pueblo penitente con la cuarta cruz que se colocó sobre la peña. Últimamente, el gremio de albañiles obreros hizo construir de concreto la que actualmente existe.

Aunque muy lentamente los fueron comunicando un poco de civilización a los indios y entraron en amistad con ellos. Así se fusionaron los dos pueblos, formando la ciudad de Jinotega.

La inmensa lejanía que separaba a Jinotega de los centros habitados por las autoridades inmediatas del poder conquistador de la voracidad y rapacería de españoles y ladinos (españoles nacidos aquí) permitió que se burlaran las leyes nobles que se dictaban. Esto convirtió a Jinotega en una pobre victima de españoles y ladinos, quienes oprimieron de modo brutal a los habitantes de nuestro antiguo pueblo, especialmente a los indios, obligándolos, a trabajos exagerados y dándoles un trato cruel , inhumano, a través del largo calvario sufrido por los indios, llego a hacérseles la vida imposible, y en un gesto de dignidad y de rebeldía, resolvieron enviar una comisión que fuera a exponer ante el Capitán General en Guatemala, la situación lamentable, a que habían sido sometidos.

En enero de 1817, una embajada integrada por los indios Gregorio Hernández, Pedro Novoa, Apolinar Villegas, Manuel Antonio Gutiérrez y Manuel Hernández, fue a la capital del reino de Guatemala, a enfrentarse con el presidente y Capitán General que en esa época era don José de Bustamante y Guerra, a exponer los siguientes problemas:

a)--El servicio personal riguroso a que se les obliga, exigiéndoles jornadas de 50 y 60 leguas, con cargas excesivas, aún para los animales.

b)--Obligación de recibir salarios tasados injustamente, y en algunos casos con tareas duplicadas, por un solo real y sin comida aún cuando necesitaban dos días para                  

     Concluirlas.

c)--Obligación de vender a precios bajísimos los granos, huevo y ganado caballar.

d)--Exigencia para el pago de tributaciones atrasadas, cuando ya se había abolida su cobro para la corona.

e)--Obligación de trabajar en los trapiches bajo rudas vejaciones y sin pago alguno.

Y para terminar el relato de su padecimiento dijeron: "El fin de haber bajado a esta capital, que dista 300 leguas de nuestro pueblo venciendo la fatiga de tan larga distancia y manteniéndonos en tan penoso camino con las escaseces que son evidentes, es el de manifestaros las calamidades, extorciones y miserias que sufrimos las cuales tienen a nuestro pueblo en tal decadencia que a pasos acelerados camina a su total ruina y exterminio. A la que se dirige nuestra solicitud y que humildemente pedimos se nos conceda es que se moderen los arbitrarios precios que a nuestro trabajo a nuestras demás cosas ha puesto en abuso pues si se nos mantuviere en la dura esclavitud de españoles y ladinos particulares, podríamos asegurar que llegaría el caso que no tuviésemos una sola semana para dedicarnos a nuestro trabajo, de aquellos que depende nuestra subsistencia y la de nuestros hijos. En tales casos exasperados y vedados, los hijos del pueblo, tomaríamos el partido de emigrar". 

Este documento  presentado por la valiente delegación Jinotegana, ante el representante del poder español en Guatemala, revela la decisión y valentía de este pueblo.

La embajada fue oída pues tuvo la suerte que en esos días desempeñaba el cargo de la audiencia  Suprema el gran Patricio don JOSE CECILIO DEL VALLE, quien emitió un dictamen justiciero, para quienes pedían el derecho de vivir como humanos, o convertirse en salvajes, o morir en los en los pesados servicios a que los sometían los españoles y ladinos.